Mục tiêu chính của phân loại học là tập trung vào việc phân loại các thứ dựa trên đặc điểm, trong khi hệ thống phát sinh chủng loại lại nhằm mục đích chỉ ra mối quan hệ tiến hóa? Mặc dù phân loại học cũng có thể chỉ ra mối quan hệ tiến hóa ở một mức độ nào đó?
Ví dụ, mình không biết điều này có hợp lý không, nhưng giả sử mình có một loài giun đốt (annelida) cuối cùng tiến hóa thành một loài động vật có dây sống (chordata). Trong phân loại học, nó sẽ nằm trong nhóm động vật có dây sống, nhưng vì cả động vật có dây sống và giun đốt đều là ngành, nên nó sẽ không cho thấy sinh vật đó từng là một loài giun đốt? Nhưng nếu ta vẽ một cây phát sinh chủng loại với các đặc điểm được chọn lọc, cuối cùng sinh vật đó sẽ chia sẻ những điểm tương đồng với, ví dụ như một sinh vật khác trong ngành giun đốt?
Hoặc trong một trường hợp khác, giả sử mình bắt đầu với một con cá heo trong cây phát sinh chủng loại của mình. Sau đó, mình chọn đặc điểm “có thể bơi” ở nút đầu tiên và nối nó với cá hồi. Sau đó, mình chọn đặc điểm “có đuôi sau hậu môn” cho nút thứ hai và động vật thứ ba của mình là chó. Vậy mình có đang gợi ý rằng cá heo có quan hệ họ hàng gần gũi hơn với cá hồi so với chó, mặc dù trong phân loại học, cả cá heo và chó đều thuộc lớp thú (mammalia) trong khi cá hồi thuộc lớp cá vây tia (actinopterygii)? Trong trường hợp tiến hóa hội tụ này, liệu ta có nên không sử dụng đặc điểm đó không?
Ngoài ra, phát sinh loài học là gì? Chỉ là một cây phát sinh chủng loại được vẽ bằng trình tự DNA hoặc trình tự axit amin thay vì hình thái học?
Mình thực sự rất bối rối… Nếu ai đó có thể giải thích cho mình thì sẽ rất hữu ích. Cảm ơn.